Durante la década de 1940 y parte de la de 1950, vivió los peores años de su historia, ocupando algunas de las últimas posiciones de la tabla. Es en ese lapso que el equipo estableció las marcas negativas de su historia, como los 101 goles recibidos en la temporada 1945-46, la racha de 15 juegos seguidos sin ganar, camiseta seleccion mexicana mundial 2022 incluidas 6 derrotas consecutivas en 1946-47 y la peor goleada de la historia en liga: 2-9 contra Atlas el 3 de noviembre de 1946 en el Parque Oblatos.
