En la temporada 93-94 el Toluca finalmente logró una mejoría concluyendo su participación en el torneo como tercer lugar general, esa temporada quedó marcada con las llegadas de Hernán Cristante, Nidelson Silva de Mello, camisetas retro real madrid Rodrigo Fernández y Blas Armando Giunta así como el regresó a la presidencia de Jesús Fernández del Cojo. En los campeonatos de 1994-95 y 1995-96 el Toluca registró diversos cambios, en la primera temporada Silva Para fue reemplazado en la dirección técnica por Moisés Figueroa y este a su vez Aurelio Pescuttini y finalmente en los años 95-96 Sergio Peláez Farell llegaría a la presidencia para seguir con los cambios; llegando a la dirección técnica Marco Antonio Trejo y posteriormente Miguel Ángel López, no obstante los cambios en la institución estaban por estabilizarse pues los malos tiempos de Toluca estaban llegando a su fin.
