Sin embargo fue usado de buena forma como semillero de sus fuerzas básicas, en especial considerando la tradicional postura del club de jugar con jugadores consolidados nacionales y extranjeros. En 2009 ante el fin del sistema de filiales y la creación de los torneos de fuerzas básicas, la posesión de una franquicia en la Liga de Ascenso se hizo innecesaria y el club desapareció. El club decidió mudar la franquicia a la Ciudad de México y constituir al equipo en una especie de sucursal de sus fuerzas básicas, con lo cual surgió Socio Águila Fútbol Club, que compitió de manera regular en la Primera División «A» entre Clausura 2007 y Clausura 2009; únicamente logró clasificar a la liguilla en su último torneo, quedándose en cuartos de final.
