A inicios de 2004, Santos disputó el torneo Interliga, un torneo creado por la FEMEXFUT y que se disputó en territorio estadounidense, en busca de un lugar en la Copa Libertadores de América. Uno de los elementos que distingue al club, es el sistema de formación de futbolistas profesionales, la denominada «cantera»; esto ha permitido a la institución a través de los años haber sido cuna de destacados jugadores mexicanos, entre los que sobresalen: Enrique Borja, Aarón Padilla, Olaf Heredia, Adolfo Ríos, Leonardo Cuéllar, Luis Flores, Manuel Negrete, Miguel España, Alberto García-Aspe, Luis García Postigo, Jorge Campos, Claudio Suárez, Sergio Bernal, Braulio Luna, Israel López, Gerardo Torrado, Israel Castro, Efraín Juárez, Héctor Moreno, Pablo Barrera, Johan Vásquez y el considerado más grande jugador mexicano de todos los tiempos: el pentapichichi y miembro del once ideal histórico en el Real Madrid: Hugo Sánchez.
