No obstante el 12 de abril del 2000, consigue la mayor goleada para equipos mexicanos en Copa Libertadores al vencer 8-2 al Olimpia de Paraguay; El primer tiempo fue con un desarrollo favorable a las águilas aunque apenas culminó 3-2, mientras que en la complementaria se desenvolvió el potencial ofensivo del equipo. La Copa Libertadores 2000 significó una de las mejores actuaciones futbolísticas en la historia del club, en buena medida por el nivel de calidad alcanzado frente a conjuntos sudamericanos altamente competitivos; con la dirección técnica de Alfredo Tena y una sobresaliente actuación de Cuauhtémoc Blanco, quien anotaría 9 goles en el certamen.
